Preparate la crema pasticcera: sbattete con le fruste le uova con lo zucchero, poi aggiungete la farina setacciata in modo che non vi siano grumi. Nel frattempo portate ad ebollizione il latte. Versate poco latte nel composto di uova, amalgamate bene aggiungendo anche la vaniglia. Unite il restante latte e riportate sul fuoco, sempre mescolando fino alla densità voluta. Per farcire i bignè la crema dovrà essere densa, regolatevi anche dal fatto che raffreddando un pochino si solidifica.